实验大楼中，若在某个固定地点进行水纯化处理，再利用管路将数个使用点加以连接供应纯水，这种系统就称为中央纯水系统。

 

与一般的纯水系统（小型纯水系统）不同，中央纯水系统由大型纯水系统统一产水，使用者可以像使用自来水一般自由取水。但是小型纯水受到适当的维护可以保持良好的水质，比如说小型纯水的水箱中会配有紫外灯，确保在水箱内的纯水避免微生物的污染。相反的，中央纯水系统的配管比较长，很难彻底杀菌。而且纯水已经过除氯处理，微生物很容易繁殖，易附着在管壁上形成菌膜，一旦形成顽强的菌膜，即使以化学试剂或者热水来清洗，也只是对菌膜表面的细菌有效，而菌膜深层的细菌则会很快恢复到初始状态，所以除菌效果不如小型纯水系统。

 

中央纯水系统与小型纯水系统虽然都使用相同的纯水原理进行纯化，各研究室的水质仍呈现不同，尤其在夏天时微生物含量都很高。这是因为夏天水温较高，微生物繁殖加快，进而产生菌膜。微生物繁殖所产生的代谢物会造成有机物质的污染。地点与取水时间不同，所取得的水质有一定的差别。我们经常发现，中央纯水系统虽然可在纯水制造处执行水质管理，但却很难针对各个使用点进行管理，使用者往往对中央纯水系统制造的纯水发生水质劣化也注意不够，可能会出现实验结果不佳却又找不到原因的窘境。此外，纯水中的微生物检测是以悬浮细菌数为指标，对中央纯水系统进行微生物检测虽然可以检测出微生物的存在，但却无法判断菌膜最可能存在的地点，所以必须要进行系统全面的处理。管路的微生物管路首先必须使用卫生级配管，且定期进行热气杀菌处理。如此频繁的维护工作将会花费相当多的经费，也会产生无水可用的停水期，对实验造成一定的干扰。